Mjölksyra och pH är förmodligen de två faktorer som är mest osäkra som indikationer på hygienisk kvalitet. Anledningen till detta är att ingen av dem i sig självt talar om ifall något gått fel. Mjölksyra är den syra man vill ha mycket av vid en naturlig fermentation och pH är bara ett mått på ensilagets surhetsgrad. Eftersom det är mjölksyran, producerad av mjölksyrabakterierna, som står för den största delen av pH-sänkningen kommer pH och mjölksyrainnehåll till viss del att följa varandra i naturligt fermenterade ensilage. I ensilage där syror använts som tillsatsmedel är naturligtvis inte sambandet särskilt starkt. Såvär ensilagets pH som innehåll av mjölksyra kommer dessutom att skilja sig mycket beroende på ts-halt, tillsatsmedel och det finns även en skillnad mellan balar och silor.

Hög ts-halt ledet till att fermentationen hämmas, både bildningen av mjölksyra och tillväxt av oönskade mikroorganismer. Om ts-halten i ensilaget är högre än 35 % rekommenderas över huvud taget inte pH som mått på ensilagets hygieniska kvalitet. Ensilage behandlade med syror eller salter har ofta högre pH och innehåller mindre mjölksyra än ensilage behandlade med mjölksyrabakterier eller välfermenterade obehandlade ensilage. Detta beror på att både tillsats av syror och salter, de två grupperna av kemiska tillsatsmedel, minskar mjölksyrabakteriernas tillväxt och därmed produktion av mjölksyra. I bakteriepreparaten har man valt ut bakterier som tål låga pH, vilket innebär att dessa kommer att producera mer mjölksyra och ge ett lägre pH än obehandlade ensilage.

En annan faktor som har stor betydelse för både pH och innehåll av mjölksyra är om ensilaget är långstråigt, skuret eller hackat. Vanligen kommer fermentationen att leda till ett lägre pH i hackade grödor än i långstråiga eller skurna. Skillnaderna minskar dock om något tillsatmedel används. De långstråiga grödorna är inte nödvändigtvis sämre hygieniskt än de hackade. Övriga analyser bör användas för att avgöra det.