Mjölksyrabakterier är förutsättning för en lyckad naturlig ensilering. Det är dessa som ska fermentera socker till mjölksyra och därmed sänka pH i ensilaget så att det blir stabilt. Mjölksyrabakterierna finns på grödan och när de kommer i kontakt med det socker som finns inne i cellen kommer de att börja växa. De är antingen strikt anaeroba eller har möjlighet att växa i begränsad utsträckning i närvaro av syre. De är känsliga för UV-strålning och det finns därför risk för att de minskar i antal under förtorkningen. De är relativt okänsliga för lågt pH och kan växa även vid pH under 4, vilket är en av anledningarna till att de ofta dominerar ensileringsprocessen.

Mjölksyrabakterier utnyttjar socker som energikälla och producerar mjölksyra. Begreppet homofermenterande innebär att de endast utnyttjar hexoser (socker innehållande sex kolatomer) och producerar från en hexos två mjölksyra molekyler. Detta sker utan några egentliga energiförluster då allt kol återfinns i mjölksyran.

Heterofermenterande mjölksyra finns i två olika former. Den ena utnyttjar pentoser (socker innehållande fem kolatomer) och producerar från varje pentos en molekyl mjölksyra och en molekyl ättiksyra. Även detta sker utan energiförluster.

Den andra formen av heterofermenterande mjölksyrabakterier utnyttjar precis som de homofermenterande mjölksyrabekterierna hexoser, men förutom mjölksyra producerar de ytterligare någon annan molekyl, t ex ättiksyra eller etanol. Detta innebär en potentiell energiförlust eftersom det dessutom produceras koldioxid, men eftersom vissa av dessa produkter innehåller mer energi än sockret (etanol innehåller betydligt mer energi än socker) är detta inte alltid fallet.