Klostridier är sporulerande bakterier som finns naturligt i jord och därmed även ofta i tarmar på djur. De producerar smörsyra genom fermentation av socker eller mjölksyra till smörsyra och koldioxid. Liksom för enterobakterier finns de saccarolytiska och proteolytiska klostridier. Klostridier kan orsaka ett antal olika problem: de kan vara patogena, d v s ohälsosamma eller sjukdomsframkallande om de konsumeras. Det mest kända exemplet på detta är förmodligen Clostridium botulinum, som producerar toxinet botulin, vilket kan leda till botulism. Botulin är ett nervgift och hur människor frivilligt injicerar detta (Botox) är en gåta.

Ett annat problem kan vara om de kontaminerar mjölken, eftersom sporerna passerar genom kornas matsmältning och kommer ut i gödseln och sedan hamnar på juvret. Detta kan leda till problem i osttillverkning med sprängda ostar som följd. Eftersom de bl a producerar smörsyra kommer även luktenav ensilaget att klart försämras.

Sporer är ett problem under ensileringen eftersom de i miljöer de inte kan växa i, sporilerar. De går in i ett tillstånd där de är mycket svåra att döda. Som sporer påverkas de inte av vare sig temperatur eller lågt pH. Detta innebär att man inte blir av med klostridier under ensileringsprocessen utan antingen finns de i oförändrad mängd, eller så ökar de i antal. Detta har även lett till diskussioner om hur man ska analysera klostridierna. Vissa hävdar att det som är intressant är hur många sporer det finns och andra hävdar att det är hur mycket de har växt som är intressant. Om man endast är intresserad av hur mycket klostridier det förekommer i ett foder, så bör man naturligtvis analysera antalet sporer. Det är enbart detta som kan säga ngt säkert, men om det som är intressant är hur själva ensileringsprocessen fungerat är det förmodligen bättre att analysera smörsyrainnehållet, eftersom detta är ett mått på just hur mycket de vuxit.

Tillväxt av klostridier gynnas av låg ts-halt och långsam eller begränsad pH-sänkning. Vid 30 % ts-halt anses ett pH på 4,2 tillräckligt för att förhindra klostridietillväxt. Vid högre ts-halt har pH mindre betydelse. Vad som kan vara viktigt att komma ihåg i detta fall är att grönmassan/ensilaget sällan är homogen. Det kan finnas klumpar med jord eller gödsel där pH sjunker mycket långsammare och/eller i mindre utsträckning än i ensilaget i genomsnitt. Det kan även finnas klumpar med gräs med lägre ts-halt än genomsnittet. I dessa områden kan alltså klostridierna växa trots att de genomsnittliga förutsättningarna är sådana att inte klostridierna borde kunna växa till. Problemen med ojämn ts-halt är troligen ett större problem i balar eller när lastarvagn använts än om grödan exakthackats.

Klostrider delas vanligen upp i saccarolytiska och proteolytiska klostridier, beroende på vilken energikälla de föredrar. De saccarolytiska klostridierna använder främst kolhydrater (socker och organiska syror) som energikälla och de proteolytiska använder aminosyror. Oftast hör man att mjölksyrabakterierna och klostridierna konkurrerar om det socker som finns i grönmassan, men detta är, om man ska vara helt korrekt, fel. Vanligen kan inte klostridier utnyttja de sockerarter som finns i grödan, utan istället används mjölksyra som energikälla. Mjölksyrabakterierna producerar m a o substrat åt klostridierna! Vad som händer är att två molekyler mjölksyra används för att bilda en molekyl smörsyra och lite koldioxid (det är koldioxiden som orsakar sprängning av ostarna). Detta innebär att pH kommer att stiga om klostridier får växa. Detta beror dels på att syrakoncentrationen sjunker och dessutom är smörsyra en svagare syra än mjölksyra. Smörsyra sänker m a o inte pH lika effektivt som mjölksyra och detta leder till en dubbel effekt. När sedan pH stiger kommer de mer pH-känsliga proteolytiska klosstridierna att kunna växa och bryta ner aminosyror till ammoniak. Eftersom ammoniak dessutom är basiskt kommer pH att öka ytterligare.

Några reaktioner:
2 mjölksyra => smörsyra + 2 CO2 +2H2
Glutamin =>Ättiksyra + pyruvat +NH3