Enterobakterier är en grupp av bakterier som främst lever i mag-tarm kanalen hos djur. Dessa kommer alltid att komma med grödan vid slåtter och de kan spela en större eller mindre roll för ensileringen, främst under början av ensileringen, när de snabbt förökar sig. De är dock väldigt känsliga för lågt pH och när ensileringsresultatet är lyckat kommer de inte att finnas kvar i ensilaget efter öppnandet. Det finns dock en risk med ensilage men höga ts-halter, där man inte får någon markant sänkning av pH och det därför skulle vara möjligt för enterobakterierna att undvika att konkurreras ut av mjölksyrabakterierna. Det finns två olika typer av mjölksyrabakterier: Saccarolytiska, som lever på socker, vilket fermenteras till en blandning av syror och alkoholer, samt proteolytiska som bryter ned aminosyror till ammoniak och diverse organiska syror.

Ett exempel:
Socker › ättiksyra + etanol +2 CO2 + 2 H2
En alkohol som vanligen associeras med enterobakterier är butandiol. Några andra syror som kan bildas är mjölksyra, myrsyra, bärnstenssyra, valeriansyra.